本书是一部系统研究明清学术思想的理论专著。全书围绕“个性解放的新道德”、“批判君主专制的初步民主思想”、“科学精神”三大主题把明清学术的发展，划分为三个阶段。认为从明代嘉靖至崇祯，具有西方文艺复兴时期“人的重新发现”与“世界的重新发现”的特征;从南明弘光、永历到清康熙、雍正，提出了批判君主专制的民主要求;而从清乾隆到道光二十年，中心是学术独立和学术研究中的知性精神的发展。三个阶段时间上前后递继，逻辑上渐次递进，构成了这一时期思想发展的主要脉络。全书着眼于中国开始走出中世纪、迈向近代化的文化进程，确立主潮，观其流变，不仅是明清思想的资料汇集，更是对作者提出的“哲学启蒙” 说的微观考史佐证