主人公阿罗纳克斯是一位颇有盛名的博物学家，因此当欧洲各国报刊杂志上流传着关于海上怪物的传说后，美国派出当时装备最先进的“林肯号”出海扑杀海上怪物，主人公受邀同行。随行的还有教授的仆人——孔塞伊，以及名声在外的捕鲸手内德·兰德。 “林肯号”一行在海上茫然追索，灰心丧气准备返程之际却意外地遇上了那头“怪物”，并向其发起攻击。然而在“怪物”的反击下，不仅“林肯号”受损，教授三人也意外落水。生命垂危之际，三人获救于一艘神秘的潜水艇——“鹦鹉螺号”，并遇上了神秘的尼摩艇长，在后者的带领下三人在海中游览了两万里……