《变形金刚·之证4》动画故事书的剧情曲折、深刻。它的故事讲述正义的汽车人和邪恶的霸天虎从母星塞伯坦来到地球后，拥有变形能力的双方开始扫描地球交通工具或武器形态以融入地球生活隐藏于人类社会之中，并为了保护或掠夺地球资源而不断战斗。在战斗中，双方惊醒了构成地球内核的邪恶宇宙大帝，并与之战斗，以免地球遭受毁灭之灾。此外，正义的汽车人也在不断收集散落在各地的塞伯坦远古圣器以复苏塞博伯坦星。