《魔法女孩:沉没的亚特兰蒂斯》讲述了：听说过亚特兰蒂斯吗？那是一座传说曾拥有过辉煌文明，后来却沉入海底的城市。亚特兰蒂斯让莉莉魂牵梦萦，这一次她所借助的咒语却不是“魔法跳”。来到了神奇的海底城市，莉莉大开眼界。这里不但满眼都是奇花异草和造型奇特的宏伟建筑，亚特兰蒂斯的居民们还酷爱奇装异服，各个把自己打扮得花枝招展。莉莉偶然结识的海龟国王施努特告诉她，海龟国臣民和亚特兰蒂斯人正遭受着章鱼怪的威胁。看来，莉莉这次又要为正义而战了。