《大清野史之谜》以清朝的十二个皇帝为时间主线，分为清初篇、中清篇、晚清篇三个部分。其中既包含了皇帝妃子的秘闻，也兼采名臣将相乃至平民百姓的奇闻逸事，以此勾勒出大清王朝历史发展中粗线条的脉络关系，破解大清王朝中的各种历史谜案，以帮助读者更加全面地了解和领略清朝时期的重大事件的经纬及各种风土人情。各个故事之间彼此独立，但又存在一定的联系，以增加全书的连贯性和整体感。