《拇指班长12：复活的怪蛋》讲述了孔东东去古生物博物馆参观，不小心带回来一颗奇怪的“石头”。夜里，这颗“石头”发出了赤橙黄绿青蓝紫七种颜色的光，孔东东想抓住它，它却跳着逃开了。后来一个偶然的机会，孔东东和孔西西发现这颗”石头”遇热之后会不断地变大。为了弄清“石头”的秘密，他们俩一起把它带到了甄苇大博士的实验室．可是甄伟大博士说它其实是一颗蛋。在博士的帮助下，一只模样奇怪的动物从蛋壳里孵化出来。为了帮助它确认身份，孔东东和孔西西决定去恐龙生活的年代打探一番。