《校园三剑客9:魔幻头骨》描述了大英博物馆的“水晶头骨”在行进的防盗系统下不翼而飞，让警方感觉到很尴尬。“校园三剑客”再一次被“神秘客”派去解密。在古玛雅文化遗址，他们遇到了一位可疑的偷盗者；在“死亡之岛”，“校园三剑客”与S国特种兵狭路相逢；在“智慧圣殿”，他们与“头骨之血”组织成员展开了殊死的搏斗和智慧的较量……“校园三剑客”能否找到十三颗“水晶头骨”，并揭开“水晶头骨”之谜？这个能透视远古文明的“水晶头骨”到底带给我们什么启示呢？