小说讲述了国共战争时期，共产党打败国民党占领了长春，根据保卫部内线得到情报，国民党保密局不甘心失去长春，已经制定了一个毁灭长春的“三城计划”，企图通过细菌战将长春变成瘟疫之城、腐烂之城、死亡之城。大灾之后有大疫，共产党委派了门玉生去长春当卫生局局长。在这场看不见硝烟的战场上，门玉生带领着高大军等手下一方面对付鼠疫、霍乱、天花、伤寒、脑炎、回归热等病疫，一方面还得应对来自敌特分子的破坏与阴谋……