《兰室秘藏》中涉及临床各科，以内科疾病所占篇幅很大。对饮食劳倦、中满腹胀、心腹痞、胃脘痛、酒客病、消渴、头痛、呕吐、衄血吐血、腰痛、大便结燥、小便淋闭、阴痿阴汗、泻痢、自汗等15种内科疾病，分别各立一门；对于难于归类者，列入杂病门；还有痔漏门、疮疡门、妇人门、小儿门和眼耳鼻门、口齿咽喉门等共22门，是很好实用的一部临床著作。