《赛尔号大电影:寻找凤凰神兽6?电影连环画(上)》的故事发生在浩瀚神秘的宇宙。代表正义力量的机器人团队赛尔号在罗杰船长的带领下，出发到Y星球寻找传说中的珍稀精灵――凤凰神兽，以寻找新能源，解决能源危机，实现自我力量的升级。费尽周折抵达后，他们却发现Y星球已被破坏得满目疮痍，即将被黑洞所吞噬。星球上的居民――小精灵们也身受迫害，Y星球命运危在旦夕。而邪恶的美利图军团造成了这一切的灾难，更妄图劫获赛尔号，占有全星系的能源和精灵，称霸整个宇宙。