在一个绝望的世界中，描绘出希望——「我原来是一个从卧铺车厢的窗户里眺望着宇宙的旅客世界是黑暗的，无边无际我永远是孤独一人」小光与小透是一对不分彼此的好朋友，可是小透发现，世界上只有自己才能看见小光。小透就读的学校有名男生莫名失踪，消息传到小透所在的十三班，同学江尻开始绘声绘色地说是三年前被杀女生的恶灵作祟，校方于是宣布停课。等到复课，失踪男生仍旧下落不明，校园依然死气沉沉。小透为了查明真相而跟着同样只有自己能看见的“桐岛”走下黑暗的台阶，走了不知多久，在地下，小透见到一所一摸一样的学校。他走到自己的班级，发现人人形同蜡人，面无表情，眼神空洞，黑板上老师的字写了就消失，仿佛永远不会有下课铃响，窗外则是浓重的灰色。“桐岛”把他带到十五班，说这个班级地上没有，这个班是专为已死学生而开，透果然看到了三班那个失踪男生。透提出想回到地面世界，而“桐岛”提醒他说已经踏入了死亡世界，是回不去的……