过去，在名为冬木的城市里，七位魔术师和七位英灵进行了圣杯战争。但是，某位魔术师却趁着世界大乱，强行夺走了圣杯。  数十年后，尤格多米雷尼亚一族以该圣杯为旗号，宣布叛离魔术协会，成为独立组织。魔术协会愤而派出刺客，却被尤格多米雷尼亚一族召唤的从者反击。  以从者对抗从者，圣杯战争的系统发生变更，空前绝后的七对七——圣杯大战爆发。  与此同时，第十五位从者——贞德也被召唤为圣杯大战的裁判。她也不知道自己为什么会被召唤，带着疑惑动身前往故事的舞台图利法斯……  这是一个与Fate/stay night和Fate/Zero不同的全新Fate世界，圣杯大战就此开幕!