《新疆探秘录之独目青羊》讲述的是一个新疆和平解放六十年仍不为人知的秘密。公元17世纪，蒙古准噶尔部控制了天山南北，强制推行藏传佛教。部分穆斯林带着经典和财物，迁入阿勒泰深山中，从此音信全无。1949年，一支解放军特别警卫连在阿勒泰深山神秘失踪；1962年，苏联对阿勒泰等地进行武装磨擦，新疆军区两名少将叛逃；1976年，“文革”刚刚结束，十支考古队在特种兵师长的率领下秘密进入阿勒泰山区，没有人知道他们的真实目的。多年后，新疆大学金石研究专业的研究生袁森，受导师所托，进入和田一座诡异的玉璞矿山调查，意外发现一只独目青羊——那是有关阿勒泰深山隐秘的线索。追寻这条线索，袁森开始了踏遍新疆的探险之旅……新疆，有多少事曾经暗中发生？