退化的雷伊和盖亚与伙伴们分别，准备特训。  在宇宙中，他们遇到一个变异的狂暴精灵，并且得知在飞坦星上，宇宙海盗正在进行残酷的精灵实验。  雷伊和盖亚来到飞坦星，找到并且摧毁了秘密实验基地。连番大战让雷伊和盖亚终于成功突破，开始进化，然而，就在关键时刻，他们却遭到了来自格兰迪瓦的偷袭。  进化被打断，雷伊和盖亚产生异变，陷入沉睡。  为了保护他们俩，飞坦星的精灵偷偷把让他们藏了起来，但是，格兰迪瓦却命令幽影拉朵控制了飞坦星上所有的精灵，用精灵们的姓名逼迫他们现身……