嵇文甫在思想史方面主要专注于先秦段，以及晚明清初段。明末清初思想研究，嵇文甫是奠基者之一，也影响优选。《晚明思想史论》，充满激情，纵横捭阖，论及佛学的兴起，西学东渐等，视野宏阔。附录《十七世纪中国思想史概论》，两书合观，则构成了上自，中间经过李贽，张居正，刘宗周，云栖、紫柏、藕益、憨山等四大师，东林党人，杨慎、方以智，徐光启、利玛窦，孙夏峰等，直到黄宗羲、顾炎武、王夫之、颜习斋、唐甄、李二曲、全祖望、毛奇龄、阎若璩等晚明清初群星璀璨的思想提坦时代。包括其思想背景、治学方法、民族思想、哲学思想、历史思想、政治思想，均一一缕析，创见频现，引人入胜。