《密书》的故事分为两条线索展开。一条线索是吉莉安发现了一个不同寻常的秘密。未及将之揭露于众，她便神秘失踪。只有一幅神秘的图片存留。吉莉安的前男友尼克供职于FBI，尼克决定找到她。然而一开始，接触到图片的人都陆续被杀害，一股强大的力量在背后紧逼尼克而来。追随吉莉安的踪迹，尼克闯入一个有五百年历史的神秘腹地……　　《密书》故事的另一条线索是以一个中世纪男人为主角，讲述了古登堡印刷术发明之初的坎坷历程，涉及商业、阴谋、教会等，密书也在这个过程中被印刷而成。