失踪多年，传奇英雄士官长再度现身，追击人类夙敌！在经历过一场浩劫之后，新凤凰市开始了新的生活。而失踪多年后再度现身的传奇英雄士官长率领一支斯巴达战士小队一路追踪他的夙敌，也是使用重组器杀害新凤凰市数百万居民的凶手宣教士，来到了原本保存重组机的位置——三号光环附近的伊凡诺夫研究站。他们在这里遭遇宣教士，以及他的普罗米修斯部队。经过连番苦战，士官长终于在与宣教士的对决中，借用光环的力量再次取得了胜利。战后的银河系里，各种新的危机此起彼伏，斯巴达战士奉命秘密调查一种致命的急性病，不想由于情报错误，原本的秘密行动竟演变成一场激烈战斗。然而等到战斗结束，帕尔默和拉斯基却怀疑无尽号被军情局利用了……