《明代哲学史》所用的方法，是在全面阅读原始资料的基础上，先确定被研究、被描述的思想家的问题域，然后找出与这个问题相关的全部概念范畴；依逻辑与历史统一的原则，以中心范畴为纲，构成一个概念范畴的框架；理出这个框架中的逻辑关系，然后将这个框架依照其逻辑顺序叙述出来；在这一程序中，重点对这个框架中主题概念的形成及与其他概念的关系加以说明。《明代哲学史》以揭示被研究者的思想本身为主要任务。《明代哲学史》有专章叙述佛教、道教哲学及天主教传入时与中国本土文化的碰撞。