《新版中国古代思想史论》由“补篇”和“前著”组成。“补篇”揭示了中国上古思想史的最大秘密：“巫”的基本特质通由“巫君合一”“政教合一”的途径，直接理性化而成为中国思想／文化大传统的根本特色。巫的特质在中国大传统中，以理性化的形式坚固保存、延续下来，成为解中国思想和文化的钥匙所在。“前著”则从剖析孔子的仁学开始，提出中国民族的“文化心理结构”问题，认为血缘、心理、人道、人格为四大因素，孟、苟从内外两方展升为光辉的个体人格和伟大的人类特征，而以“实用理性”和“乐感文化”为总精神。在此前提的贯穿下，渐次论述了自先秦到明清的各种主要思潮。