在学科逻辑的背景下，以大学科群或者大学科门类为基石构建学院，以二级学科为单位建立系，同时可以以前瞻性的学科为基础成立特色学院；在管理逻辑的背景下，要强调院系相对独立的实体性地位，合理分配学校、学院以及系的权力，坚持以学术权力为主导性力量。在学科逻辑与管理逻辑的双重作用下，研究型大学的院系学术组织运作机制需要关注院系的用人机制、财务机制以及仪器设备共享机制的建立与效率提升。北京师范大学的“校中校”模式、浙江大学的“学部制”以及华中科技大学不断完善的“学院制”是当前我国研究型大学院系学术设置改革的三种典型模式