《明清史学术文库：清代地方官制考》以章、节体例编写，依清王朝对地方行政管理的不同方式以及所设官员的不同性质，分章叙述。首章为概述，依下按一般地区官制、特别地区官制、少数民族地区官制和专职性官制分类叙述，全书共五章，凡三十四节。《明清史学术文库：清代地方官制考》记述地方军事机构及职官的方法为：各地驻防将军以下及直省提督以下之职官，立有专节；各督标、抚标、漕标、河标、军标，按统属列于各官员项内；各特别地区及各少数民族地区之武职官员，分别归入各地区。关于清末的官制改革，除在第一章概述中作了总体的论述外，其改革后职官变化的具体情况，分列于各章节中。有些改革中新设立的机构，则别立专节。