十月。 世界各地发生了罗马正教徒反学园都市的示威游行。其目的，无疑是针对以学园都市为代表的“科学势力”而来。 在世界一片混乱之时，上条得知此事的源头是名为“C文书”的灵装，于是和土御门元春一道前往“C文书”所在的法国观光城市阿维尼翁。在阿维尼翁当地，上条和天草式十字凄教的成员五和重逢，并一同开始搜寻“C文书”……但这时，“神之右席”成员左方之地突然出现在他们面前。 当科学与魔法交会之时，上条当麻的故事就此展开——！