故事发生在19世纪上半叶密西西比河河畔的一个普通小镇上。汤姆·索亚是一个聪明但调皮的男孩。他父母双亡，住在严厉但也十分疼爱他的波莉姨妈家里。他活泼好动，有着许多精灵鬼点子，而且不爱学习，总喜欢逃学去钓鱼、和流浪儿哈克贝利·费恩闲逛、做“海盗”、搜集各种奇怪的物品。他甚至喜欢上了名叫蓓姬·撒切尔的女孩，并想尽办法来“追求”她。而他的“爱”也似乎得到了回应。　　一天半夜，汤姆和哈克去坟地试验用死猫治疣子的方法，意外地遇上了一场谋杀案——去盗尸的罗宾逊大夫、印第安人乔和酒鬼波特三个人发生争执，一怒之下，印第安人乔把罗宾逊大夫杀了，并把杀人罪行赖到被打晕的波特身上。当时吓得够呛的汤姆和哈克发誓，要对此事严守秘密。但汤姆在很长时间内一直陷于不安之中。　　后来，汤姆由于蓓姬和他怄气而与好友乔·哈波一起离家出走，又和哈克一起坐筏子到一个小岛上去当“海盗”。镇上的人不知道他们的去向，以为他们在河里淹死了。在为他们举行葬礼的那天，他们三人却奇迹般地出现了。汤姆成了学校里的英雄，蓓姬也在不久之后与他重归于好……　　不久后，法院终于要审理那场凶杀案——大家都以为凶手是波特时，汤姆克服恐惧，告发了印第安人乔，但印第安人乔却当场逃走了。汤姆陷入了极度不安之中。后来，当汤姆和哈克去一个鬼屋“寻找海盗埋藏的财宝”的时候，发现乔装打扮的印第安人乔和一个同伙在鬼屋中找到了一部分财宝，并且偷听到有一个“二号”——另一个藏财宝的地方。他们决定找到“二号”。几天后，蓓姬、汤姆和一些其他朋友去“野餐会”，他们来到了一个迷宫般的岩洞里玩。汤姆和蓓姬光顾着玩耍，脱离了大伙儿，迷路了。他们在洞里历尽波折，饥饿、干渴、黑暗和恐惧不断袭击着无助的他们。过了好几天，他们也没找到出路。更可怕的是，他们在洞中看见了印第安人乔……　　镇上的人们都以为他们死在洞中了，波莉姨妈和撒切尔一家都悲痛极了。直到一天半夜——镇上突然喧闹起来——汤姆和蓓姬被找到了！原来，汤姆牵着绑在石头上的风筝线探路，找到了一个出口，然后被几个好心人送了回来。　　由于这件事，洞口被封了。汤姆知道后，便把印第安人乔在洞里的事告诉了蓓姬的爸爸撒切尔法官。法官便带人去查看，洞门被打开了，但印第安人乔旱就饿死了。　　后来，汤姆经过分析，判定财宝已经被印第安人乔藏到山洞中了。于是他和哈克偷偷地潜入到山洞中，并根据他们偷听到的关于“二号”的描述，找到了一个宝箱——里面有一万两千余元！发现财宝的他们成了大富翁。　　从此以后，汤姆和啥克变成了小镇上的“风云人物”，不仅走到哪儿都会受到欢迎，而且他们俩的小传还登在了镇报上……