炎夏之夜，使徒袭城，凌野和唐嘉上不慎卷入其中，被神秘少女救下。危急时刻凌野进化系能力初显，被S.S看中选入后备力量。唐嘉上通过家族关系，陪凌野一同进入“智慧女神”学习，却在入学前遭到学院负责人罗柏的刁难——而入学条件是，共同完成一项神秘任务。随着任务的进行那些隐没在黑暗中的历史，正慢慢浮出水面。任务的目标背后，神秘人正在推波助澜，而再次与使徒狭路相逢的少年们，毫无退路只能选择勇敢应战……