《中国农民工市民化制度分析》主要针对理论界对农民工市民化制度研究的不足，通过对中国独特的农业剩余劳动力转移过程和农民工问题的考察，将造成中国农民工问题的主要原因和农民工市民化的主要障碍明确地归结为城乡二元制度，分别从整体层面和子制度层面对城乡二元制度进行了全面系统的研究。《中国农民工市民化制度分析》的创新主要体现在：一是从理论上和实证上分析了城乡二元制度对农民工市民化意愿，市民化能力和市民化进程的影响；二是分别从整体层面和子制度层面对城乡二元制度进行了比较系统深入的研究，理清了城乡二元制度及主要子制度的变迁历程，并探讨了基于农民工市民化的城乡二元制度及其子制度创新的重点、难点和具体的制度安排；三是研究了城乡二元制度创新过程中的可能冲突与协调，主要包括城乡二元制度内部的制度关联，制度冲突的原因和主要表现，以及协调城乡二元制度创新的基本思路、基本要求和政策选择。