《孤舟》以1941年日寇在苏常太地区开展“清乡运动”为背景，讲述了苏州名门之后、留美建筑师顾易中由不谙世事的热血青年成长为具备民族大义的英雄人物的故事。顾易中因为爱情卷入一次失败的营救活动，而被诬陷为叛徒。为了证明自己的清白，他被迫加入苏州日伪特工站90号，潜伏其中寻找真正的叛徒，与各方势力斗智斗勇，在各方利益的夹缝中生存、挣扎与成长……