《王琦男科学》自1997年11月由河南科学技术出版社发行以来，受到学术界的较高评价。卫生部原部长张文康作了“发展中医男科，丰富中医临床”的题词，《北京中医药大学学报》、《科技潮》等学术期刊先后发表专家评价性意见。中国中医科学院文献学专家余瀛鳌教授指出：“《王琦男科学》使中医男科的框架日趋完整，分篇内容更为充盈，呈现了‘学验俱丰，粲然可观’的学术风格。”北京中医药大学王沛教授认为：“《王琦男科学》编写体系中西互补，中西诊断病名规范，诊疗思路紧扣临床，学术思想承古创新，辨证用药经验独特。”北京中医药大学颜正华教授指出：“《王琦男科学》内容丰富、系统、全面、新颖，为中医男科的完善作出了新贡献。”该书于1999年获河南省优秀图书奖，2001年获全国中医药优秀图书二等奖。