七万年前，原始人类在濒临灭绝的严峻情况下勉强幸存，七万年后，拥有优选文明与高端科技的人类又再一次面临灭绝危机……瘟疫虽然有了很终的解药，伊麻里组织却依旧进逼着全世界，阿瑞斯更是引爆了遍布在南极洲周围的水雷，融化的古代冰层形成一场大洪水，迅速侵袭世界各地。此时，凯特跟大卫收到一组来自外层空间的加密信号，他们知道这段信号是阻止伊麻里的关键，必须尽快解开密码，于是，一行人穿过传送门来到了亚特兰蒂斯的烽火系统……随着亚特兰蒂斯记忆拼图的逐渐完成，人类世界起源的面纱即将揭开，过去与现在相互角力，很后的结局，人类将何去何从？