本书描写男主人公马蒂亚是一个年轻的数学天才，他相信自己是质数中的一个，而中学同学阿莉丝正是他的孪生质数。他们都有痛苦的过往，同样孤独，同样无法拉近和其他人之间的距离。从少年到成年，他们的生命不断交叉，努力消除存在于彼此间障碍，相互影响又彼此分离，就像孪生质数，彼此相近却永远无法靠近。作者以细腻的笔触，再现了小说人物为在生活中找到自己的位置而做出的努力。