脱离了ADEM的由宇，带着斗真一起追踪峰岛勇次郎所留下的蛛丝马迹，两人的逃亡之旅就此展开。他们要前往的目的地大有来头——不但是勇次郎失踪的地方，更是年幼的由宇被捕的前峰岛研究所！另外，ADEM司令伊达则面临着艰难的局面。高层要求他为弥涅耳瓦事件造成的社会成本损害，以及由宇的脱逃负责，让ADEM面临更换首脑的危机。而在整个局势背后，则有着甚至能将狡诈的政治家玩弄在股掌之间的厉害人物黑川谦。为了设立更强硬的组织取代ADEM，黑川企图抢在伊达之前捉到由宇而展开行动。除了这两方之外，还出现了第三个追拿由宇与斗真的集团——神秘的佣兵部队“七原罪”。由宇与斗真即将面临前所未有的重大危机!!